Τα όργανα που υποστηρίζουν διοικητικά τις Φοιτητικές Εστίες είναι:
- Τριμελής Επιτροπή Επιλογής. Τα μέλη της ορίζονται ετησίως με πρόταση του Πρύτανη και έγκριση της Συγκλήτου του ΕΜΠ και έχουν ως έργο την αξιολόγηση των κατατεθειμένων αιτήσεων εισδοχής και την επιλογή των δικαιούχων στέγασης στις Εστίες (άρθρο 2, παρ.2.1.).
- Τετραμελής Επιτροπή Παρακολούθησης. Συγκροτείται από την Επιτροπή Επιλογής και τον αρμόδιο Αντιπρύτανη Διοικητικών Υποθέσεων και Φοιτητικής Μέριμνας, ο οποίος προεδρεύει των συνεδριάσεων. Μεταξύ των αρμοδιοτήτων της είναι η τήρηση του Κανονισμού Λειτουργίας, η παρακολούθηση θεμάτων καθημερινότητας, η κατάθεση προτάσεων βελτίωσης του τρόπου λειτουργίας των εστιών κοκ (άρθρο 2, παρ.2.2.).
- Γραμματεία ΝΕΕΜΠ. Υποστηρίζει γραμματειακά τις Επιτροπές Επιλογής και Παρακολούθησης. Ο Προϊστάμενος της Γραμματείας παρίσταται στις συνεδριάσεις των Επιτροπών, χωρίς δικαίωμα ψήφου (άρθρο 2, παρ. 2.3 και 2.4).